திருவிடைமருதூர் தலத்தில் உள்ள இறைவன் சுயம்பு லிங்க மூர்த்தியாகும். இங்கு மட்டுமே மூகாம்பிகை சந்திதி உள்ளது. இக்கோயில் சோழர்களால் கட்டப்பட்டது. சிவனின் தேவாரப்பாடல் பெற்ற 274 சிவாலயங்களில் இது 93வது தேவாரத்தலம் ஆகும்.
திருவிடைமருதூர் தலம் வரகுண பாண்டியன் என்ற பாண்டிய நாட்டு அரசனின் வாழ்க்கையுடன் சம்பந்தம் உடையதாகும். ஒருமுறை வரகுண பாண்டியன் அருகிலுள்ள காட்டிற்கு வேட்டையாடச் சென்றான். அப்போது வழியில் உறங்கிக் கொண்டிருந்த ஒரு அந்தணன் குதிரையின் காலில் மிதிபட்டு இறந்துவிட்டான். இதனால், அரசனை பிரம்மஹத்தி தோஷம் பற்றிக்கொண்டது.
அந்தணின் ஆவியும் அரசனைப் பற்றிக்கொண்டது. சிறந்த சிவபக்தனான வரகுண பாண்டியன் மதுரை சோமசுந்தரரை வணங்கி இதிலிருந்து விடுவிக்க வேண்டும் என்று வேண்டிக்கொண்டான். மதுரை சோமசுந்தரக் கடவுளும் அரசனுடைய கனவில் தோன்றி திருவிடைமருதூர் சென்று அங்கு தன்னை வழிபடும்படி கூறினார்.
எதிரி நாடான சோழ நாட்டிலுள்ள திருவிடைமருதூருக்கு எப்படிச் செல்வது என்று கவலைப்பட்டுக் கொண்டிருந்த அரசனுக்கு சோழ மன்னன் பாண்டிய நாட்டின் மேல் படையெடுத்து வந்திருக்கும் செய்தி கிடைத்தது. சோழ மன்னனுடன் போருக்குச் சென்ற வரகுண பாண்டியன் சோழ மன்னனை போரில் தோற்கடித்து சோழநாடு வரை துரத்திச் சென்றான். அப்போது திருவிடைமருதூர் சென்று இங்குள்ள இறைவனை வழிபட ஆலயத்தினுள் பிரதான கிழக்கு வாயில் வழியாக நுழைந்தான்.
வரகுண பாண்டியனைப் பற்றியிருந்த பிரம்மஹத்தியும் அந்தணனின் ஆவியும் அரசனைப் பின்பற்றி கோவிலினுள் செல்ல தைரியமின்றி வெளியிலேயே தங்கிவிட்டன. அரசன் திரும்பி வரும்போது மறுபடியும் அவனை பிடித்துக் கொள்ளலாம் என்று காத்திருந்தன. ஆனால் திருவிடைமருதூர் இறைவனோ வரகுண பாண்டியனை மேற்கு வாயில் வழியாக வெளியேறிச் செல்லும்படி அசரீரியாக ஆணையிட்டு அவனுக்கு அருள் புரிந்தார்.
அரசனும் பிரம்மஹத்தி நீங்கியவனாக பண்டியநாடு திரும்பினான். இதை நினைவுகூறும் வகையில் இன்றளவும் இவ்வாலயத்திற்கு வரும் பக்தர்கள் பிரதான கிழக்கு வாயில் வழியாக உள்ளே சென்று மேற்கிலுள்ள அம்மன் சந்நிதி கோபுரவாயில் வழியாக வெளியே செல்லும் முறையைக் கடைப்பிடித்து வருகிறார்கள்.
இத்தலத்தில் உள்ள இறைவன் சுயம்பு லிங்க மூர்த்தியாகும். இவ்வாலயத்தில் உள்ள மூகாம்பிகை சந்நிதி மிகவும் புகழ் பெற்றது. அம்பாள் சந்நிதிக்கு தெற்குப் பக்கம் இந்த மூகாம்பிகை சந்நிதி அமைந்துள்ளது. மூகாம்பிகைக்கு இந்தியாவில் திருவிடைமருதூரிலும், கர்நாடக மாநிலத்திலுள்ள கொல்லூரிலும் மட்டும் சந்நிதி இருப்பது குறிப்பிடத்தக்கது.
ஜோதி லிங்கத்தை இறைவனே வழிபடலானார். வியப்பு கொண்டு உமையம்மை இறைவனே பிரம்மன் முதலானோரே தங்களை வழிபடுவதுதான் முறை. தாங்கள் தங்களையே வழிபடுகிறீர்களே என்று வினவ இமையே பூசித்தோனும் பூசையை ஏற்றுக் கொண்ட பரம்பொருளும் நாமே.
நம்மை நாமே பூசிப்பதற்கு காரணம் இம்முனிவர்கள் நம்மைப் பூசிக்க மறந்துவிட்டனர். அதனாலே பூசிக்கிறேன் என்றார். முனிவர்களும் அன்று தொடங்கி இப்பெருமானை காமிகாவிதிப்படி பூஜை செய்து பெரும் பேறு பெறுவாராயினர் எண்று தலவரலாறு கூறுகிறது.