கோவைக்காயின் முழுத் தாவரமும் மருத்துவப் பயன் கொண்டது. கோவைக்காய் இலை இருமல், ஆறாத புண்கள், சிரங்கு, உடல் சூடு, நீர்ச் சுருக்கு ஆகியவற்றைப் போக்கும். கோவைக்காய், கரப்பான், ஜலதோஷம், நீரழிவு போன்ற நோய்களுக்கு மருந்தாகும். கோவைக்காய் வேர், குஷ்டம், பிரமேகம், வாத நோய்கள் ஆகியவற்றுக்கு மருந்தாகும்.
கோவைக்காயில், சாம்பார், கூட்டு போன்றவை செய்து உணவுடன் சேர்த்து சாப்பிட்டு வர வயிற்றுப் புண், வாய்ப்புண், உதடு வெடிப்பு ஆகியன குணமாகும்.
கோவைக்காய் இலைச் சாறு 20மிலி உடன் சம அளவு நல்லெண்ணெய் சேர்த்து ஒரு டம்ளர் நீராகாரத்துடன் கலக்கி காலையில் மட்டும் குடித்து வர வேண்டும். 7 நாட்கள் வரை சாப்பிட வெட்டை நோய் குணமாகும்.
கோவைக்காய் இலைச் சாற்றை சம அளவு தேங்காய் எண்ணெயுடன் சேர்த்துக் கொதிக்க வைத்து, வடிகட்டி வைத்துக் கொண்டு, மேல் பூச்சாகப் பூச வேண்டும். மேலும் ஒரு பிடி இலையை ஒன்றிரண்டாக நசுக்கி இரண்டு டம்ளர் நீரில் இட்டு பாதியாக காய்ச்சி, வடிகட்டி குடிக்க வேண்டும். 7 நாட்களுக்கு காலை, மாலை வேளைகளில் இவ்வாறு செய்து வர படை, சொரி, சிரங்கு போன்றவை குணமாகும்.
கோவைக்காய் இலைச் சாறு, காலை, மாலை 50 மிலி அளவு 4 நாள்கள் குடித்து வர சீத பேதி குணமாகும்.
கோவைக்காய் வேர்க்கிழங்கு சாறு 10 மிலி காலையில் மட்டும் குடித்து வர ஆஸ்துமா குணமாகும்.
சுவையின்மை தீர கோவைக்காயை நறுக்கி காய வைத்து, வற்றலாக்கி வைத்துக் கொண்டு நெய்யில் வறுத்து சாப்பிட வேண்டும். அல்லது கோவைக்காயை ஊறுகாய் செய்தும் சாப்பிட்டு வரலாம்.