திருச்செந்தூர் கோவில் இரண்டாயிரம் ஆண்டுகளுக்கு முன்பிருந்தே நிலைபெற்று இருப்பதாக வரலாற்று ஏடுகள் கூறுகின்றன.
இத்திருத்தலம் மன்னார் வளைகுடாக் கடலின் கரையோரத்தில், அலைகள் தழுவ அமைந்திருப்பதால், அலைவாய் என்று அழைக்கப்பட்டது. பின்னர், திரு என்றும் அடைமொழி சேர்க்கப்பட்டு, திருச்சீரலைவாய் என்று அழைக்கப்படுகின்றது.
இக்கோயிலுக்குச் செல்லும் வழியில், தூண்டுகை விநாயகர் கோவில் உள்ளது. இவ்விநாயகரை வணங்கிய பின்னர்தான் முருகப் பெருமானை வணங்கச் செல்ல வேண்டும்.
இத்திருக்கோயிலில் பன்னிரு சித்தர்களில் எட்டுச் சித்தர்கள் சமாதியாகி உள்ளதாகக் கூறப்படுகின்றது. முருகப்பெருமானின் வெற்றி வேல் மாமரமாக மாறி நின்ற சூரபத்மனை பிளவுபடுத்திய இடம் திருச்செந்தூரில் இருந்து மூன்று கிலோ மீட்டர் தூரத்தில், கடற்கரை ஓரமாக உள்ள மாப்பாடு என்ற இடம் ஆகும். இப்பகுதி தற்போது, மணப்பாடு என்று அழைக்கப்படுகின்றது.
அலைவாய், திரச்சீரலைவாய், வெற்றி நகர், வியாழ சேத்திரம், அலைவாய்ச் சேறல், செந்தில், திரிபுவளமாதேவி சதுர்வேதி மங்கலம், சிந்துபுரம், ஜெயந்திபுரம், வீரவாகு பட்டி னம், என்றெல்லாம் திருச்செந்தூர் முன்பு அழைக்கப்பட்டது.
முருகனின் அறுபடை வீடுகளில் இது 2-வது படை வீடு எனப்படுகிறது. ஆனால் இதுதான் முதல் படை வீடு என்ற குறிப்புகளும் உள்ளன.
முருகனின் அவதார நோக்கமே அசுரர்களை அழிப்பதுதான். திருச்செந்தூரில்தான் அந்த அவதார நோக்கம் பூர்த்தியானது. எனவே முருகனின் தலங்களில் திருச்செந்தூர் தலமே தெய்வீக சிறப்பும், தனித்துவமும் கொண்டதாகும்.
முருகப்பெருமானின் அறுபடை வீடுகளில் மிகப்பெரிய கோவில் கொண்ட தலம் என்ற சிறப்பும் திருச்செந்தூர் கோவிலுக்கு உண்டு.